通常の骨粉増殖が通用しない特殊な花には、それぞれ固有の入手ルートが存在します。
古代の植物である「トーチフラワー」と「ウツボカズラ」は、考古学要素で登場したモブスニッファーを活用します。海底遺跡の「怪しげな砂」からブラシでスニッファーの卵を発掘し、苔ブロックの上で孵化させます。成熟したスニッファーは定期的に地面の匂いを嗅ぎ、土や草ブロックから古代の種を掘り出してくれます。この種を耕地に植えて育てることで花が手に入ります。なお、収穫した花そのものからは骨粉増殖ができないため、数を集めるにはスニッファーを複数体繁殖させて放牧するのが確実です。
触れたエンティティに衰弱（ウィザー）状態を付与する「ウィザーローズ」は、ウィザーの攻撃によってモブが倒された瞬間にドロップします。最も安全な増やし方は、ジ・エンドの帰還ポータル下や岩盤でウィザーを完全に窒息ハメ状態にし、そこにアイアンゴーレムや繁殖させたニワトリ、あるいはエンドマイトを大量に送り込んでウィザーの爆発・攻撃に巻き込ませる方法です。一度トラップを構築してしまえば、黒の染料やトラップ用ブロックとして大量のウィザーローズを自動回収できます。
また、花は集めるだけでなくミツバチの受粉ギミックにも直結します。ミツバチは咲いている花から蜜を吸い、巣に戻る途中で周囲の作物（小麦、ニンジン、ジャガイモなど）に花粉を落とすことで、骨粉と同じ成長促進効果をもたらします。拠点の畑の周りに花を美しく配置することは、景観だけでなく農業効率の劇的な向上にも寄与する重要なテクニックです。
