境内に足を踏み入れたら、ただ手を合わせるだけでなく、薬王院ならではの宗教儀礼と授与品に触れることで、参拝の深みが格段に増します。
大本堂では毎日定時に「御護摩祈祷（おごまきとう）」が執り行われています。太鼓の重低音が本堂内に轟き、僧侶たちの読経が響き渡る中、中央の護摩壇に高く燃え盛る火柱は圧巻の一言です。火炎は不動明王の智恵の炎とされ、参拝者の心願や苦難を焼き清めます。護摩祈祷の時間は、通常期で毎日複数回（概ね9:30、11:00、12:30、14:00、15:30等）行われており、個人でも当日申込で堂内に上がって参列可能です。
また、寺務所で授与される御朱印は、達筆な墨書と「飯縄大権現」の朱印が力強く刻まれます。季節限定の切り絵御朱印や、天狗をモチーフにしたオリジナル御朱印帳は収集家の間でも高い人気を誇ります。さらにお守りの種類も多岐にわたり、強力な魔除けとして玄関に貼る「天狗の団扇（うちわ）守り」や、金運を呼び込む「福徳開運守」、登山者の安全を守る「交通・登山安全守」など、明確な目的別に選べるラインナップが整っています。
