口座振替は「一度設定すれば払い忘れがない」という安心感から人気の方法だが、実は見落とされがちなデメリットがある。まずポイント還元が一切ないこと。さらに、口座振替を一度設定すると、毎年自動的に引き落とされるため、税額の変化や減免適用に気づきにくいという問題がある。
例えば、車を買い替えて税額が大幅に下がった場合や、廃車にしたにもかかわらず口座振替が継続されてしまうケースも報告されている。自治体側の処理ミスではなく、納税者側が手続きを忘れることで発生する問題だが、還元がない以上、口座振替は「お得な払い方」としては優先度が低い。
また、自動車税には分割払いの制度は存在しない。一括払いが原則であり、年税額を一括で納める仕組みだ。「分割払いにできないか」と考える人もいるが、地方税法上、自動車税種別割に分割納付の規定はない。どうしても一時的な資金負担を抑えたい場合は、クレジットカードの分割払いやリボ払いを利用する形になるが、これにはカード会社所定の手数料がかかるため、節約目的なら避けるべきだ。