小学校卒業後の進路において、標準的な公立ルートとなるのが南薫小学校から櫛原中学校への進学です。櫛原中学校は文武両道の校風で知られ、南薫小出身の児童が自然体で中学生活へ馴染めるよう、綿密な小中連携プログラムが構築されています。
中学校の教員が小学校へ出前授業を行ったり、児童が中学校の部活動や授業を見学・体験する機会が年間を通じて設けられており、いわゆる「中1ギャップ」の解消に大きな成果を上げています。小学校時代の仲間とともに無理なく進学できる安心感は、公立校ならではの大きな強みです。
一方で、久留米大学附設中学校をはじめとする難関私立中や、県立中高一貫校への受験を志向する家庭も一定数存在します。西鉄久留米駅周辺には大手進学塾が多数集積しているため、放課後の通塾負担が極めて軽い点も、学習意欲の高い家庭が南薫校区を選ぶ決定打となっています。