なかよしを利用する上で最も注意しなければならないのが、土鍋炊きご飯 なかよし 混雑状況と席の確保に関するルールです。何も知らずにピークタイムへ突撃すると、長時間の行列に巻き込まれることになります。
各店舗の混雑ピークは、平日ランチタイムの11:45〜13:15、およびディナータイムの19:00〜20:30です。特に休日の恵比寿本店や渋谷エリアの店舗は、開店直後の11時台から列ができ始め、14時過ぎまで並びが途切れないことも珍しくありません。客席の回転は定食屋としては標準的（1人あたり25分〜40分程度）ですが、丁寧に炊き上げる土鍋ご飯をゆっくり味わう客が多いため、ファストフード店のような高速回転は期待できません。
混雑を回避するための黄金ルートは、「14:30〜17:00のアイドルタイム」を狙うことです。なかよしの各店舗は基本的に通し営業を行っているため、遅めのランチや早めの夕飯として訪れると、並ばずにスムーズに入店できる確率が跳ね上がります。
また、恵比寿 なかよし 予約について検索する人が非常に多いのですが、原則として「定食利用のみの事前予約は不可」となっています。満席時は店頭の待機列に並んで順番を待つシステムです。ただし、一部店舗（有楽町店など）では、夜限定の「土鍋ごはんコース（飲み放題付き等）」を注文する場合に限り、ネットや電話での事前予約を受け付けています。目的が定食なのか宴席なのかによって対応が分かれるため、事前の確認を怠らないようにしましょう。
現在展開されている土鍋ご飯 なかよし 店舗一覧の主要拠点としては、発祥の地である恵比寿エリア（本店、恵比寿南店、明治通り店など複数店展開）、若者やビジネス層で賑わう土鍋炊きご飯 なかよし 渋谷（渋谷ストリーム店等）、オフィス街の中心にある有楽町店などが知られています。同じ恵比寿エリア内であれば、本店が満席でも徒歩数分の別店舗へ回ることで待ち時間を大幅に短縮できる裏ワザも活用できます。
