現代の食肉加工センターの現在を語るうえで欠かせないのが、衛生管理と安全性への徹底した投資です。近年の食肉処理施設の安全基準は、国際標準であるHACCP（ハサップ）の完全義務化を経て、さらに高度なFSSC22000などの国際認証取得へとシフトしています。
ジャパンビーフセンターをはじめとする中核施設では、処理室内の室温を厳格に低温管理（一般的に15℃以下、保管庫は0〜2℃）するコールドチェーンを完備。交差汚染を防ぐためのワンウェイ動線設計、ATPふき取り検査による微生物モニタリング、個体識別番号（トレーサビリティコード）のリアルタイム紐付けなど、二重三重の安全網が構築されています。これにより、BSE対策や食中毒菌の混入リスクを徹底排除した製品出荷が実現されています。
