長塚京三を取り巻く家族関係もまた、文化的な深みを持つトピックとして常に注目を集めています。前妻との間に誕生した実の息子は、劇団「阿佐ヶ谷スパイダース」を主宰し、現在はKAAT神奈川芸術劇場の芸術監督も務める劇作家・演出家・俳優の長塚圭史です。
長塚圭史は2009年に女優の常盤貴子と結婚したため、長塚京三にとって常盤貴子は「義理の娘」という関係にあたります。日本を代表するトップクリエイターと名女優が揃う華麗な芸能一家ですが、過度な家族アピールや安易な共演ビジネスを行わない点が、この家族の品格を際立たせています。
また、長塚京三自身も2009年に長年マネージャーとして公私を支え続けてきた女性と再婚を発表しました。互いに自立した大人同士がそれぞれの人生を歩みながら、必要な時に静かに支え合う姿勢は、現代の家族のあり方として非常に洗練されたモデルケースといえます。