開創当初、大師山清大寺は拝観料を大人3,000円という異例の高額に設定していました。テーマパーク型の観光寺院としてスタートしたものの、バブル崩壊とともに客足は急速に鈍化。年間数百万人の参拝者を見込んでいた計画は大きく狂い始めます。
経営建て直しのために拝観料の段階的引き下げ（2,500円→1,000円→500円）や宗教法人化を進めたものの、1996年に多田清氏が逝去すると事態は一変。巨額の固定資産税の滞納が重くのしかかり、2002年には勝山市によって大仏殿や五重塔などの一部施設が差し押さえ処分を受けました。
その後、2004年以降に複数回にわたって公売・競売にかけられるものの、あまりの規模の大きさと維持管理費の膨大さから長らく買い手がつかない事態が続きました。一時は「バブルの負の遺産」「巨大廃墟化の懸念」と全国紙で報じられる苦境を味わいましたが、現在は管理体制が整えられ、静寂を取り戻した祈りの場として平穏に運営されています。
