初めて訪れる旅行者が最も驚くのが、その入館料システムのユニークさです。公立美術館でありながら、常設展示エリア、マンガの蔵の見学、約2万5000冊の単行本が読み放題のマンガライブラリーへのアクセスは、なんと無料に設定されています。施設維持費の観点から有料化が叫ばれる昨今において、「誰もが日常的にマンガ文化に触れられる開かれた広場にしたい」という創業時の理念が今なお守られています。
一方で、年に数回開催される大型の横手市増田まんが美術館 企画展を鑑賞する際には、別途観覧料(展覧会ごとに異なり、一般およそ1,000円〜1,500円前後)が必要となります。国内外の人気作家をフィーチャーした特別展では、貴重なカラー原画の初公開や限定グッズの販売が行われ、全国から熱心なファンが詰めかけます。
訪問時の所要時間に関しては、自身の鑑賞スタイルに応じたスケジューリングが欠かせません。企画展と常設展示をひと通り見て回る標準的な見学であれば約1時間30分から2時間が目安となります。しかし、名作漫画を静かに堪能できるライブラリーや、後述するマンガカフェでの滞在を含めるなら、最低でも3時間から半日を見込んでおくのが現地を遊び尽くすためのセオリーです。