玉ねぎは比較的丈夫な作物だが、特定の病害虫に対しては弱点がある。早期発見と予防が、豊作と不作を分ける境界線だ。
【べと病（べとびょう）】──最も多い病害。3〜4月の雨が多い時期に発生しやすく、葉に白〜灰色のカビ状の病斑が現れる。原因は糸状菌で、密植と過湿が悪化要因。予防には適切な株間の確保と、マルチによる泥はねの防止が有効だ。発生したら初期段階で殺菌剤（ダコニール1000など農薬登録品）を散布する。
【軟腐病（なんぷびょう）】──球の内部が腐る細菌性の病気。葉の根元から腐敗が始まり、悪臭を伴う。一度発生すると根治が難しく、罹患した株は即座に除去して土中に埋め戻さないことが重要。予防には過剰な窒素肥料を避け、排水を良くすることが基本だ。
【アザミウマ（スリップス）】──葉の白化・銀白色の斑紋が発生したらアザミウマ（体長1mm程度の害虫）の被害を疑う。乾燥した時期に多発する。見つけたら薬剤（スピノエース顆粒水和剤など）を散布。また、シルバーマルチが飛来防止に効果的とされている。
【ネギアブラムシ】──葉の汁を吸い、排泄物（すす病の原因）で光合成を妨げる。少数なら葉ごと取り除き、多発したら殺虫剤を使用する。天敵となるテントウムシを活用するオーガニック的アプローチも家庭菜園コミュニティで注目されている。
2026年のトレンドとして注目すべきは、農薬の使用を最小限に抑える「IPM（総合的病害虫管理）」の家庭菜園への浸透だ。天敵昆虫の活用、フェロモントラップによるモニタリング、そして栽培環境の整備（通気・排水・適切な株間）による予防を組み合わせることで、化学農薬に頼らない栽培を目指す家庭菜園愛好家が増えている。
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