中学生活の総決算となる高校進学実績において、駒ヶ根市立東中学校の生徒たちは上伊那エリアの主要高校へ着実に進学しています。地域の伝統校である伊那北高等学校（普通科・理数科）をはじめ、地元に根差した赤穂高等学校（普通科・商業科）、伊那弥生ヶ丘高等学校など、生徒の学力特性や将来設計に応じた幅広い進路選択が実現されています。
教職員による進路指導は、単なる偏差値主義に陥ることなく、生徒本人の適性と将来のキャリアビジョンを重視する方針が徹底されています。3年生になると定期テストに加えて総合テスト（実力テスト）が複数回実施され、きめ細やかな三者面談を通じて合格に向けたロードマップが共有されます。地域学習塾との連携度も高く、学校授業の定着と受験対策が無理なく連動している点が強みです。
