最終回の掲載時、SNSや5ちゃんねる、レビューサイトでは『少年のアビス』の感想を巡って激しい議論が巻き起こりました。連載期間中、毎話のようにトレンド入りを果たしていた本作だけに、読者の受け止め方は大きく二分されました。
ネット上の肯定的な声として目立ったのは、「心中というロマンティシズムに逃げず、現実の生を描き切った誠実さ」を称賛する意見です。「誰かと一緒に死ぬことで永遠になるのではなく、ボロボロになっても一人で生きていくことの重みを描いた名作」「柴ちゃん先生の狂気も含めて、誰もが自分を救うために他者を利用していた構造が生々しかった」といった、人間の暗部を容赦なく暴き立てた峰浪りょう氏の筆力を評価する分析が多く見られました。
その一方で、「もっと決定的な破滅エンドを期待していた」「あれだけ泥沼を描いたのだから、全員で心中するくらいの地獄が見たかった」という、ダークサスペンスとしての劇薬を求めていた層からの不満の声も散見されます。しかし、後味の悪さを安易な悲劇で処理せず、生き残ったキャラクターたちに「罪と向き合いながら生活を営む」という現実的な負荷を背負わせたことこそが、本作を単なるバッドエンド消費物から一線を画す傑作へと昇華させた要因と言えます。
