大手予備校が公表する最新の入試難易度データによると、日本薬科大学さいたまキャンパスの偏差値は、6年制の薬学部 薬学科において35.0〜40.0前後（BF〜37.5レンジを含む）で推移しています。総合大学の薬学部や都市部の中堅私立薬科大と比較すると、学力的な入試難易度そのものは比較的チャレンジしやすい水準に位置しています。
入試方式は一般選抜だけでなく、総合型選抜（AO入試）や学校推薦型選抜など多岐にわたり、志願者の倍率はおおむね1.1〜1.5倍前後と極端な高倍率にはなりにくい傾向があります。しかし、教育関係者や予備校関係者の間では「入り口の入りやすさだけで判断すると痛い目を見る大学の代表格」として知られています。
薬学部における6年間のカリキュラムは、基礎化学・生物学から有機化学、薬理学、薬剤学まで膨大な暗記と理論理解が求められます。入試段階での基礎学力に不安を抱えたまま入学した場合、1年次から定期試験の壁にぶつかるケースが少なくありません。大学側も入学前教育やリメディアル教育（補習授業）に力を入れていますが、自学自習の姿勢が確立されていない学生にとっては、入試倍率の数字以上に過酷な関門が待ち受けています。
