本渡中学校の特色を語る上で欠かせないのが、活発な部活動の存在です。なかでも天草市立本渡中学校の吹奏楽部は、熊本県吹奏楽コンクールや九州大会において数々の輝かしい成績を収めてきた名門として知られており、地域イベントや定期演奏会でも圧巻の演奏を披露しています。
運動部においても、陸上競技、野球、サッカー、バスケットボール、バレーボール、柔道、剣道など多彩な競技が揃っており、天草郡市中学校総合体育大会（中体連）などで上位進出を果たす部が多数存在します。教員や外部指導者との連携のもと、技術向上だけでなく礼儀や協調性を養う場として機能しています。
昨今の部活動地域移行の潮流に合わせ、過度な長時間練習を見直し、休養日の確保や効率的な指導体制へのシフトが進められています。学業との両立を図りながら、生徒が主体的に打ち込める健全な活動環境が整備されつつあります。
