オープンワールド形式が採用された本作において、ストーリー攻略（旅パ）における使い勝手は選んだポケモンによって難易度が別ゲーと化すほどの違いを生み出しています。結論から言えば、ストーリー最序盤からエンディングまでを一貫して最も快適に進められるのはホゲータです。
ゲーム開始直後のテーブルシティ周辺から進む際、セルクルジム（むし）やボウルジム（くさ）、さらには潜鋼のヌシ（はがね）など、ほのお技の通りが良いボス戦が序盤に密集しています。ホゲータを選んだ場合、タイプ相性の恩恵をそのまま受けてボタン連打に近い感覚で突破が可能です。さらにアチゲータ、ラウドボーンへと進化する過程で「ゴースト」タイプが追加されると、一般トレーナー戦で頻出する「ノーマル」「かくとう」技を無効化できるため、消耗を抑えた安定したレベリングが実現します。
一方、ニャオハは序盤こそ虫タイプや飛行タイプの野生ポケモンに苦戦を強いられるものの、素早さの高さと広範囲な技範囲（あく、とんぼがえり、じゃれつく等）により、中盤以降のスター団幹部戦やジムリーダー戦で華麗なスイープ役を果たします。ただし耐久値が低いため、等倍の高火力技でも簡単に沈んでしまうリスクがあり、適宜回復アイテムや交代を駆使するプレイングが求められます。
クワッスに関しては、水格闘という優秀な複合タイプを持つ反面、序盤のジムやヌシに対して明確な有利を取りづらい場面が散見されます。ウェルカモやウェーニバルに進化して「ローキック」や「アクアステップ」を習得する中盤以降に一気に化ける大器晩成型と言えるでしょう。
