神社に伝わる縁起や社伝によると、五方山熊野神社の創建は平安中期の長保年間にさかのぼります。当時、水害が頻発していた武蔵国葛飾郡立石村の地に立ち寄った稀代の陰陽師・安倍晴明が、国土安穏と水害鎮撫を祈願し、紀州熊野三山（熊野本宮大社・熊野速玉大社・熊野那智大社）の御分霊を勧請したのが始まりとされています。
最大の特徴は、晴明自身が陰陽道の根本理論である「陰陽五行説（木・火・土・金・水）」に基づき、境内地を一辺三十間五尺（約57メートル）の正五角形に結界を張った点にあります。この五角形の地割は、千年の時を経た現在も公図や航空写真で明確に確認できる驚異的な遺構です。
主祭神には、伊邪那岐大神（いざなぎのおおかみ）、速玉男大神（はやたまのおのおおかみ）、事解男大神（ことさかのおのおおかみ）の熊野三神を祀り、相殿には晴明公自身も祀られています。荒ぶる川の流れを封じる「水鎮めの結界」として機能した歴史的背景は、単なる民俗伝承にとどまらず、古代・中世の土木技術と呪術が高度に融合していた証左といえます。
