連休や春・秋の週末には、始発便の出航時刻よりもはるか前から長蛇の列が形成されます。乗船定員（船の規模により約100名前後）があるため、乗客が集中した日には「整理券システム」が発動します。
現地での友ヶ島・整理券の配布時間は、通常ダイヤの始発（9:00発）に先立ち、午前8時00分〜8時30分頃から窓口周辺で開始されるケースが一般的です。混雑のピーク時には、午前8時30分の段階で午前中に出航する全便の整理券が払底し、午後便まで待機を余儀なくされる事例も珍しくありません。
SNS上での友ヶ島フェリーの混雑・リアルタイム情報を監視すると、特に10月の連休や大型連休中は「朝7時45分着で11時発の便になった」といった声も散見されます。確実に希望の便へ乗船するためには、土日祝日であれば午前8時前には現地の切符売り場へ到着しておくスケジュール管理が求められます。
