千葉県内の受験生にとって最も一般的な受験ルートが、公立高校を第一志望とする併願推薦（いわゆる併願確約）です。木更津総合高校併願推薦基準は中学校での調査書、すなわち内申点が選考の最大の鍵を握ります。
木更津総合高校内申点ボーダーの目安として、特別進学コースを併願で受験する場合、3年次の成績で5教科合計18〜20以上（各教科平均3.6〜4.0以上）が要求されます。一方、進学コースの併願では5教科15以上（オール3以上）、総合コースでは9教科合計27前後がひとつの基準線となっています。これらは中学校と高校の間で行われる入試相談（事前相談）において照会され、基準を満たしていれば原則として合格が内定する仕組みです。
木更津総合高校進学コース合格ラインに内申点がわずかに届かない場合でも、救済措置が存在します。実用英語技能検定（英検）、日本漢字能力検定（漢検）、実用数学技能検定（数検）の3級や準2級の取得、生徒会役員経験、部活動での県大会出場などの実績があれば、内申点に＋1〜2点の加点が認められる運用が一般的です。3年間の積み重ねが合否を左右するため、中3の秋までに検定資格を揃えておく戦略が極めて有効です。
