大根栽培で最も多くの栽培者を悩ませるのが、収穫時に現れる「奇形」「肉質の劣化」「サイズ不足」の3大トラブルです。これらの現象は偶然起きるのではなく、土壌環境や栽培初期の管理工程に明確な物理的・生理的原因が存在します。
まず、大根の先端が分かれてしまう大根の股根（二股）の原因は、主根の先端にある成長点（根端分裂組織）が何らかの物理的障害に衝突し、伸長が分岐することにあります。土の中に残った小石や硬い土の塊はもちろん、分解しきっていない粗大有機物や、幼苗期のセンチュウ類による食害が引き金となります。さらに大根は直根性植物であるため、ポット苗からの移植時に極小の主根が傷つくことでも確実に又根が発生します。
一方、大根の内部組織がスポンジ状になり水分が抜ける大根にすが入る理由は、根の肥大速度と養分・水分の供給バランスの崩壊です。特に収穫適期を過ぎた「老化」、収穫直前の高温による過呼吸、肥大期における極端な乾燥と過湿の繰り返しが内部細胞の破壊を招きます。春まき栽培におけるトウ立ち（抽苔）も、養分が花芽へと急激に移行するため「す」を一気に加速させます。
また、青果店に並ぶような太さに育たない悩みに対しては、大根が太くならない対策として初期生育の確保が決定打となります。大根の肥大は本葉が15〜20枚程度まで健全に広がり、光合成同化産物が十分に地下へ送られることで進行します。日照不足や密植による過密状態、間引きの遅れによって葉が十分に受光できない場合、光合成量が不足して根の肥大スイッチが入りません。
