おたる水族館は、屋内施設である「本館」「イルカスタジアム」と、海岸沿いの崖下に広がる広大な「海獣公園」の大きく2つのエリアで構成されています。全体の鑑賞に要する所要時間の目安は2時間30分〜3時間30分です。
効率よく主要スポットを網羅するための実践的な見どころポイントは以下の通りです。
1. イルカスタジアム（イルカショー・オタリアショー）：
全天候型の屋内スタジアムで繰り広げられるスピード感あふれるバンドウイルカのハイジャンプと、コミカルなオタリアの演技。座席数が限られるため、開始10〜15分前には着席しておくのが賢明です。
2. 海獣公園（アザラシ・トド・セイウチ・ペンギン）：
自然の入り江をそのまま仕切った豪快なエリア。50頭以上のアザラシがのんびりと暮らすプールでは、専用のバケツに入った魚を購入して「餌やり体験」を直接楽しむことができます。巨大な牙を持つセイウチの愛嬌あるパフォーマンスも見逃せません。
3. 本館展示（北の冷たい海にすむ希少生物たち）：
世界最大級のタコである「ミズダコ」の迫力ある展示や、北海道ならではのオホーツク海・日本海に生息するカレイ類、クリオネ、幻の巨大魚イトウなど、学術的にも価値の高い展示が整然と並びます。
