SNSやオカルト系掲示板では、「ハニベ巌窟院で怪奇現象が起きた」「心霊写真が撮れる」といった噂が定期的に投稿されます。これらのネットの反応を検証すると、噂が独り歩きした構造が見えてきます。
洞窟内は反響音が非常に大きく、遠くの他グループの話し声や足音、地下水の滴る音が不気味なノイズとして耳に届きます。また、薄暗い空間でフラッシュ撮影を行うと、空気中の塵や水蒸気が乱反射してオーブ状の光が写り込みやすく、これが「霊の仕業」と誤認される典型的なケースです。警察沙汰になるような超常現象や心霊被害が公式に報告された記録は存在しません。
また、ネット上で散見される「閉鎖の噂」についても完全に誤りです。2004年の事件直後や、2024年の能登半島地震発生時などに「営業休止したのではないか」という憶測が飛び交いましたが、施設の安全確認や整備を経て現在も通常通り営業を行っています。2024年春の北陸新幹線小松駅開業以降は、首都圏や関西圏からのアクセス性が向上し、独自の文化遺産として再評価する観光客が増加しています。