ファンの間で長年熱狂的な考察が繰り広げられているのが「ミミッキュの中身の正体」に関する仮説です。数ある説の中でも特に信憑性が高いとして議論されているのが「ポリゴン説」と「ピッピ説」です。
最も有名な「ポリゴン説」の根拠は、1997年に起きたアニメの放送事故（いわゆるポケモンショック）に端を発します。この事件以降、ポリゴンはアニメ本編への登場機会をほぼ失いました。これに対し、「ピカチュウのせいで表舞台から消されたポリゴンの怨念がミミッキュになったのではないか」という考察が浮上したのです。
この説を補強する状況証拠として、以下の要素が挙げられます。
・『サン・ムーン』でミミッキュが出現するエーテルハウスの奥の部屋には、ピカチュウの写真とともにポリゴンを譲渡してくれるイベントが存在する
・ミミッキュが布を被り始めた時期とされる「約20年前」が、アニメ事件の発生時期とほぼ一致する
・布の下から伸びる黒い影の手が、ポリゴンの角ばったデジタルな形状やデータコードの残滓を連想させる
一方で、初代ポケモンの企画段階で主人公の相棒候補だった「ピッピ説」も存在します。ピカチュウに主役の座を奪われたマスコットの嫉妬という視点ですが、現在ではアニメの因縁を背景に持つポリゴン説の方がよりドラマチックな考察として広く知られています。公式からの明言はないものの、ファン心理を刺激する絶妙な配置がなされています。
