三億円事件における最大の謎のひとつが、「奪われた3億円はどこへ消えたのか」という点です。
盗まれたジュラルミンケース3個の中には、500円札、1,000円札、5,000円札が詰まっていました。このうち、新券の500円札2,000枚（計100万円分）の記番号（ナンバー）が警察庁によって全国に公表され、金融機関や商店に手配されました。もし犯人がこの紙幣を使えば、即座に足がつくはずでした。
しかし、事件発生から半世紀以上が経過した2026年現在に至るまで、公表された記番号の紙幣は日本国内・海外を含めてただの1枚も発見されていません。この事実は、現代の犯罪研究者たちの間でも驚異的な事態と受け止められています。
マネーの行方については、以下の3つの見解が有力視されています：
- 全額破棄・焼却説：逮捕を恐れた犯人が、記番号の公表に狼狽し、一切使わずに地中深く埋めるか焼却処分したという説。
- 記番号未公開分（千円札・五千円札）のみ消費説：記番号が把握されていなかった残りの約2億9,300万円分のみを、長期にわたって日常生活の中で少しずつ消費したという説。
- 海外流出・闇ルート換金説：香港やスイスなどの地下銀行や裏カジノを通じて、マネーロンダリング（資金洗浄）されたという説。
なお、強奪された3億円については、日本信託銀行が加入していた阪神火災海上保険（現・日新火災海上保険）および海外の再保険シンジケートによって全額補填されたため、東芝の従業員には翌日無事にボーナスが支給されました。「実質的に誰も直接的な金銭被害を被っていない」という点も、この事件がどこか奇妙な伝説として語り継がれる一因となっています。
