両者の決定的な分岐点は、発祥の動機にある。ヨガの起源は数千年前の古代インドに遡り、紀元前後に編纂された古典テキストの編纂者パタンジャリによって、瞑想を通じた心の静寂と解脱を目指す体系として確立された。現代で広く親しまれるハタヨガも、本質的には瞑想を深めるために肉体を整える手段として発展した精神修養の系譜を引いている。
対照的に、ピラティスは20世紀初頭、ドイツ人の従軍看護師ジョセフ・ピラティスによって傷病兵のリハビリテーションを目的に生み出された。当初「コントロロジー（統制学）」と名付けられたこのメソッドは、解剖学に基づき、筋肉と骨格の精密なコントロールを取り戻すための極めて実践的な医療工学的アプローチとして設計されている。
