霧島東神社の本質を理解する上で欠かせないのが、社殿の眼下に広がる「御池（みいけ）」と、霊峰・高千穂峰に突き立つ「天逆鉾（あまのさかほこ）」の歴史的経緯です。
御池は、約4600年前のマグマ水蒸気噴火によって形成された周囲約4キロメートル、水深約103メートルの火口湖であり、日本で最も深い火口湖の一つです。この御池には古くから「九頭龍（くずりゅう）伝説」をはじめとする龍神信仰が息づいており、第十代崇神天皇の時代、または第十二代景行天皇の時代に創建されたと伝わる霧島東神社は、まさにこの神池を神聖な神籬（ひもろぎ）として拝する位置に建てられました。
平安時代には、天台宗の高僧である性空上人（しょうくうしょうにん）がこの地で修行を重ね、霧島六社権現（霧島神宮、霧島東神社、東霧島神社、狭野神社、霧島岑神社、夷守神社※現在は合祀）を整備しました。性空上人は御池のほとりで読経し、龍神の教化にあたったと伝えられています。
さらに重要なのは、国の始まりを象徴する神宝「天逆鉾」との関係です。高千穂峰の山頂に鎮座する天逆鉾は、霧島東神社の「社外飛び地境内（飛地境内）」として管理されており、同神社の宝物として古文書に記録されています。国家安泰や開拓、再興の象徴である天逆鉾と、龍神が棲まう御池の両方を統括する神社だからこそ、霧島東神社には格別の威厳と霊力が宿っていると信じられてきたのです。
