現地を訪れる際に計画の核となるのが、名古屋港水族館の所要時間と混雑動線です。北館・南館の全展示を丁寧に見学し、イルカショーとマイワシのトルネードを鑑賞した場合、標準的な所要時間は最低でも3時間30分から4時間を見込む必要があります。小さな子ども連れや、館内での食事を含む場合は5時間前後の枠を確保するのが現実的です。
混雑状況の傾向として、ゴールデンウィーク、お盆休み、春休み期間および通常の土日祝日は、11:00から14:30にかけて館内密度がピークに達します。特にシャチ公開プール周辺やイルカスタジアムの座席争奪戦は激化するため、以下の「逆張り動線」が効果を発揮します。
開館直後（9:30）に入館した直後、大半の来館者が足をとめる北館の鯨類水槽をあえて足早に通過し、まずは南館の最深部（南極の海・ペンギン水槽や深海コーナー）を先行して攻略します。その後、11時前後の早い時間帯に開催されるイルカショーの座席を確保し、正午の混雑がピークを迎える時間帯には休憩やランチへ移行するのが最もストレスの少ない立ち回りです。
名古屋港水族館のランチおすすめ事情に関しては、館内南館のレストラン「アリバダ」が名物です。水槽越しに熱帯魚を眺めながら食事ができるロケーションが人気で、クロコダイルやシャークを使ったユニークなメニューも提供されています。ただし、正午前後には60分以上の待ち時間が発生することも珍しくありません。混雑を避けるなら、水族館の再入場スタンプを押してもらった上で、隣接する複合商業施設「JETTY（ジェティ）」のフードコートを利用するか、11時前の早めの昼食を選択するのが賢明な判断です。
