野生の二枚貝を食べる際、消費者が最も懸念するのが「貝毒（麻痺性貝毒・下痢性貝毒）」と「細菌・ウイルスによる食中毒」のリスクです。 結論から申し上げると、スーパーや鮮魚店などの正規流通ルートで販売されているホンビノス貝に貝毒の危険性は極めて低く、安全基準が厳格に保たれています。
行政によるモニタリング検査体制
千葉県農林水産技術会議および水産研究センターでは、東京湾および三番瀬沿岸の海水を週1回のペースでサンプリング採取し、有毒プランクトンの発生状況と二枚貝の毒化状況を常時監視しています。 貝毒の原因となるプランクトン（アレキサンドリウム属など）の密度が上昇し、食品衛生法で定められた規制値（麻痺性貝毒：4MU/g、下痢性貝毒：0.16mg OA当量/kg）を超える恐れがある場合、即座に出荷自主規制の措置が取られます。流通している個体は、この公的なモニタリング網をクリアしたものだけです。
加熱調理における注意点と鮮度判定
ホンビノス貝は、生食（刺身）用として認可された極めて限定的な特殊流通品を除き、原則として完全加熱調理が前提です。 東京湾の底質環境には腸炎ビブリオやノロウイルスなどの微生物が存在する可能性があるため、加熱時は貝の中心温度が85〜90℃以上で90秒間以上加熱されていることを確認してください。殻が開いた瞬間は中心まで熱が通っていない場合があるため、口が開いてから弱火でさらに1〜2分加熱を続けるのが衛生的です。 また、調理前に以下の状態が見られる個体は、細菌が繁殖して腐敗している証拠であるため、迷わず破棄してください。 * 殻の口が最初から半開きになっており、指で叩いても全く閉じない個体（すでに死んでいる）。 * 殻をこすり合わせた際に、甲高い音ではなく鈍い濁った音がする個体（内部に泥が詰まっているか腐敗）。 * 異臭（硫化水素臭やアンモニア臭）を放っている個体。 加熱しても殻が絶対に開かない個体についても、蝶番の靭帯が熱で切れていないだけのケースもありますが、死貝であったリスクを考慮し、無理にこじ開けて食べることは避けるのが賢明です。
