学校の指導力を評価する上で最大の関心事となるのが東大津高校の進学実績です。毎春、国公立大学への現役合格者を多数輩出しており、滋賀大学、滋賀県立大学、京都工芸繊維大学、大阪公立大学、神戸大学、和歌山大学などの近隣国公立大学への進学が目立ちます。
特に東大津高校の国公立大学合格実績は、学年の約3割から4割に相当する80名〜110名前後が合格切符を手にしています。カリキュラムが国公立大学の共通テスト5教科7科目を無理なく履修できるよう設計されており、高校1年次から計画的な学習習慣を定着させる指導方針が功を奏しています。
私立大学の実績においては、関西の難関私立大学群である「関関同立（立命館大学、同志社大学、関西大学、関西学院大学）」へ毎年延べ250名〜350名規模の合格者を出しています。中でも立命館大学への合格者数が圧倒的に多く、草津・びわこ・くさつキャンパス（BKC）に近い立地条件も影響しています。
また、進路指導の現場で注目されるのが東大津高校の指定校推薦枠の豊富さです。同志社大学、立命館大学、関西学院大学、関西大学をはじめ、東京理科大学やMARCHクラス、京都薬科大学などの医療・薬学系私立大学に至るまで、長年の進学実績に裏打ちされた優良枠を保有しています。校内選考の基準は校内定期考査の評定平均値が鍵を握るため、1年次から着実に評定を積み上げた生徒にとって有力な選択肢となっています。
