福岡市立こども病院が位置するアイランドシティは、福岡都市高速「アイランドシティ出入口」からのアクセスが非常に良好です。車での来院者向けに大規模な有料駐車場（受診による割引制度あり）が整備されていますが、平日の午前中（特に9時〜11時前後）は診察ピークと重なり満車に近づく時間帯があります。
公共交通機関を利用する場合は、西鉄バスが主要な移動手段となります。天神（天神中央郵便局前など）、博多駅（博多バスターミナルなど）、JR千早駅・香椎駅などの主要拠点から「こども病院」行き、または照葉方面行きの直通バスが運行されています。バスの運行ダイヤ・時刻表は平日・土日祝で異なるため、乗車前に「西鉄バスナビ」アプリ等でリアルタイムな運行状況を確認しておくと安心です。
