全国統一高校生テストのもう一つの大きな目玉が、成績上位者だけを対象とした「決勝大会」の存在です。全学年統一部門を受験した高校3年生・2年生・1年生・高0生（高校生レベルの学力を持つ中学生）の中で、全国ランキングの上位約100名前後のみに限定招待状が届きます。
決勝大会は東京の特設会場（または厳正な指定会場）に全国の精鋭が集結し、マーク式ではなく難関国立大学の2次試験を模したハイレベルな記述試験で激突します。決勝大会に進出するためのボーダーラインは極めて高く、共通テスト本番レベルのマーク模試において得点率85%〜90%以上（偏差値換算で75〜80前後）が目安となります。灘、開成、筑波大学附属駒場、桜蔭といった全国屈指の超進学校のトップ層がひしめく領域です。
この狭き門を突破して決勝大会で上位入賞を果たすと、東進ハイスクールの授業料が全額または一部免除される「特待生」の資格が付与されます。さらに、優秀者には「米国名門大学視察ツアー」への招待やノートPCの贈呈といった破格のインセンティブが用意されており、全国のトップ進学校生がプライドをかけて競い合う一種の知的競技大会の様相を呈しています。
