当時、熱狂的なアニメファンや考察コミュニティ（当時のネット掲示板や同人カルチャー）は、人類補完計画に隠された謎や設定の解読に熱中しました。しかし、関係者の証言や当時の制作ドキュメンタリーを振り返ると、庵野秀明監督の意図は設定の開示そのものにはありませんでした。
放送当時のインタビューにおいて庵野監督は、「他者とのコミュニケーション不全」や「現実逃避としてのオタク文化への批評」を繰り返し示唆しています。人類補完計画とは、傷つくことを極度に恐れ、自室のシェルターに閉じこもりたい青年の内面世界のメタファーに他なりませんでした。
「他者と完全に溶け合って傷つかない世界（補完）」を拒絶し、「他人がいるからこそ感じる痛みと喜び（現実）」を受け入れる過程こそが、エヴァンゲリオンという作品が30年にわたり伝え続けた本質的なテーマだったのです。
