インフルエンザの回復期と重なって見過ごされやすいのが、別の呼吸器感染症との重複感染や誤認です。特に「マイコプラズマ肺炎」や大人の「百日咳」は、長期間にわたって激しい咳が続く特徴を持ちます。
マイコプラズマ肺炎は、インフルエンザが治りかけた頃に再び熱がぶり返したり、全身の倦怠感とともに胸の痛みを感じる激しい咳が特徴です。インフルエンザの迅速抗原検査で陰性になった後も咳がどんどん悪化していく場合は、単なる後遺症ではなくマイコプラズマなどの非定型肺炎を合併している疑いが生じます。
また、成人の百日咳は特徴的な「ヒュー」という吸気音が出にくく、激しい咳き込みによって嘔吐したり肋骨を痛めたりするほどの強い発作が特徴です。どちらの疾患もインフルエンザの治療薬（抗ウイルス薬）では効果がなく、それぞれに適したマクロライド系などの抗生剤による治療が不可欠となります。
