連載中断から長い年月が経過し、ファンや業界内でも「もはや結末が描かれることはない」と半ば諦められていた本作ですが、奇跡のプロジェクトが始動します。それが2009年から2010年にかけて小学館クリエイティブより刊行されたストップひばりくん完全版（全3巻）です。著者が過去の原稿に徹底的なデジタルリマスターと加筆修正を施し、世に送り出した記念碑的シリーズでした。
そして2010年2月に発売された第3巻において、連載開始から実に29年、連載中断から数えて27年後の完結エピソードとなる新作描き下ろしラストシーン（5ページ）が追加収録され、ついにコンプリートエディション完結を果たしました。
多くの読者が最も気にしていた最終話ネタバレ結末および最終巻あらすじ詳細の要点は以下の通りです。
物語のラスト、学校の屋上で繰り広げられる大空ひばりと耕作の最後のやり取りは、湿っぽさを一切排除した江口寿史らしいドライで粋な演出で描かれました。ひばりは相変わらず耕作をからかい、奔放なアプローチを仕掛けます。耕作は「男であるひばり」にときめいてしまう自身の感情に激しく戸惑いながらも、その日常を受け入れ、ふたりの距離感は白黒つけることなく続いていきます。あえて安易な結婚や性別の暴露といった予定調和に逃げず、ふたりの関係性が永遠の輝きを保ったまま疾走するように幕を閉じるラストは、長年待ち望んだ読者に深い爽快感と納得感を与えました。
