アクアスの展示構成は、日本海の豊かな生態系を再現した「しまねの海」から始まります。神話の国・島根を象徴する巨大水槽「神話の海」では、約1,000トンの水量を誇るパノラマの中で、シロワニ（大型のサメ）やエイ、大小さまざまな魚たちが頭上を悠然と泳ぎ回る海底トンネルが設置されており、圧倒的な没入感を体験できます。
館内のハイライトは何と言っても「シロイルカプール」と「新シロイルカプール」です。北極海周辺の冷たい海に生息するシロイルカ（ベルーガ）の愛らしい表情や柔軟な体の動きを、ガラス越しに間近で観察できる構造になっています。また、4種類約50羽以上のペンギンが暮らす「ペンギン館」では、フンボルトペンギン、イワトビペンギン、ジェンツーペンギン、オウサマペンギンが勢ぞろいし、水中を飛ぶように泳ぐ姿を下から見上げる「ペンギントンネル」も写真映えスポットとして絶大な支持を集めています。
屋外エリアには「アシカ・アザラシプール」が広がり、ダイナミックなジャンプやコミカルな仕草を披露するパフォーマンスが連日開催されています。海の生物の生態を楽しく学べる解説パネルやデジタルサイネージも充実しており、知的好奇心を刺激する工夫が館内の随所に凝らされています。
