物語の進行に伴い、読者や視聴者の精神を幾度となく抉ってきた代表的なトラウマシーンを振り返ります。いずれもファンの間で「度し難いエグさ」として語り継がれているエピソードです。
1. リコの除毒と腕切断未遂（原作漫画3巻／アニメ1期第10話）
第4層「巨人の盃」にて、危険生物タマウガチの毒針を受けたリコの左腕が風船のように膨張し、激しい苦痛からレグへ「腕を折って切り落として」と懇願する場面です。骨を砕く生々しい鈍音、リコの絶叫、毒とショックによる失禁と嘔吐が一切のオブラートに包まれることなく描かれ、多くの視聴者に最初の洗礼を浴びせました。
2. ミーティの成れ果て化実験（原作漫画3〜4巻／アニメ1期第13話）
ナナチの親友である人間の少女ミーティが、白笛ボンドルドによる第6層の上昇負荷実験の身代わりとなり、異形の肉塊（成れ果て）へと変貌させられた悲劇です。知性と人間の姿を奪われ、激痛に叫びながら崩れていく過程と、その後繰り返された「不死性の検証実験」の惨状は、アニメ史に残るトラウマとして名高いエピソードです。
3. プルシュカの解体とカートリッジ化（原作漫画5巻／劇場版『深き魂の黎明』）
ボンドルドを純粋に父と慕っていた少女プルシュカが、アビスの呪いを肩代わりさせるための生体部品「カートリッジ」として解体された展開です。脳と生殖器、一部の内臓のみを生かしたまま箱に詰め込まれ、溢れ出た体液が滴る描写は、鑑賞者に筆舌に尽くしがたい倫理的ショックを与えました。
4. ガンジャ隊の末路と「黄金郷の惨劇」（原作漫画8〜10巻／アニメ2期）
アニメ2期で描かれた黄金郷の惨劇では、かつて黄金郷を目指した決死隊「ガンジャ隊」の過酷な運命が明かされました。致死性の寄生水により衰弱した隊員たちを救うため、少女イルミューイが生み落としては息絶える赤子を調理し、スープとして食すという究極の禁忌が描かれています。エグい描写の極致として、放送当時は深夜帯でありながらSNSのトレンドを震撼させました。
