感染症の治療などで抗生物質（抗菌薬）を処方された際、医師から「お腹が緩くなるのを防ぐ薬を出しておきますね」と整腸剤を渡された経験を持つ人は多いはずです。しかし、ここで通常のビオフェルミンを自己判断で併用しても、ほとんど意味をなしません。
抗菌薬は病原菌だけでなく、体内に常在する有益な善玉菌まで無差別に攻撃します。通常の乳酸菌やビフィズス菌製剤を抗生物質と同時に服用すると、薬剤の殺菌作用によって善玉菌があっけなく死滅してしまい、腸内環境の崩壊に伴う下痢（薬剤性下痢症）を予防できません。
この臨床上の課題をクリアするために開発されたのが、末尾に「R」を冠したビオフェルミンR（耐性乳酸菌製剤）です。ビオフェルミンRは、ペニシリン系、セファロスポリン系、アミノグリコシド系などの主要な抗菌薬に対して抵抗性を持つよう特殊培養された乳酸菌が使われており、抗生物質が存在する環境下でも生き残って腸内フローラを維持することができます。なお、ビオフェルミンRは医師の処方箋が必要な医療用医薬品であり、市販薬としては販売されていません。
これに対し、ミヤBMに配合されている宮入菌は、人為的な薬剤耐性遺伝子を持たせずとも、自ら強固な芽胞を形成する性質があります。そのため、多くの抗生物質に晒されても休眠状態（芽胞）を維持して消化管を通過し、抗菌薬の濃度が低下した段階で発芽して活動を再開します。「抗生物質が処方されたけれど、耐性乳酸菌製剤ではなくミヤBMが出された」というケースが多いのは、宮入菌本来のタフな生存戦略が臨床現場で高く信頼されている証拠です。
