彼の執政期において、最も激しい物議を醸したのが原発再稼働問題である。東日本大震災以降、日本のエネルギー政策が根底から覆されるなか、国内最多級の原子力発電所を抱える福井県の判断は、国家の命運を左右する重みを帯びていた。
国や電力会社が早期再稼働を迫るなか、彼は安易な妥協を一切拒んだ。使用済燃料の県外搬出や新増設を巡る明確なビジョンを国に要求し、それを飲まない限り合意しないという「条件闘争」を展開したのだ。関係者の証言によれば、官邸や経済産業省の幹部が何度も知事室を訪れ、夜を徹した面談が繰り返されたという。安全対策の徹底と見返りの地域振興策を秤にかけ、国のエネルギー政策そのものを人質に取るような高度な政治的駆け引きが、水面下で繰り広げられていた。