※ここからの記述は、本作のチャプター5・チャプター6およびエンディングに関する重大なネタバレを含みます。未クリアの方は閲覧にご注意ください。
本作のストーリーテリングがゲーム史に刻まれる傑作と称される所以は、緻密に張られた伏線が最終盤で一気に回収される圧倒的なカタルシスにあります。ダンガンロンパ2 犯人 黒幕 ネタバレの核心に踏み込むと、プレイヤーが信じ込まされていた「前提」そのものが悪意をもって反転させられていたことに気づかされます。
第5章で命を落とした狛枝凪斗の目的は、自らを犠牲にして「超高校級の絶望」であるクラスメイト全員を、唯一無実の「未来機関の裏切り者（七海千秋）」の手によって処刑させることでした。自らの命すら「絶対的な希望の踏み台」としか認識しない彼の狂気は、自決でありながら他殺に見せかけるという前代未聞のトリックを完成させました。そして、彼が暴いた驚愕の真実——日向創をはじめとする島のリゾート体験者全員が、かつて世界を破滅へと追いやった「超高校級の絶望」の本体であり、記憶を奪われて仮想世界（新世界プログラム）に送り込まれていたという事実が明かされます。
そして物語の黒幕として立ちはだかるのは、前作で処刑されたはずの江ノ島盾子の意識を模した「アルターエゴ江ノ島」でした。彼女の狙いは、プログラム内の生徒たちの肉体を乗っ取り、現実世界へ自らの複製として受肉することにありました。主人公の日向創自身も、希望ヶ峰学園の非人道的な人体実験によってあらゆる才能を植え付けられた人工の天才「カムクライズル」であり、彼自身が絶望の首謀者の一人であったという残酷な真実が突きつけられます。
この物語構造を心理学的に分析すると、青春のトラウマや劣等感からの「自己承認欲求の歪み」が、いかにして過激な思想や依存関係へと転落していくかという現代的な病理を浮き彫りにしています。「才能がない自分には価値がない」と思い詰めた日向の承認欲求の暴走がカムクライズルを生み出し、生徒たちもまた心の隙間に江ノ島盾子の洗脳を許してしまいました。本作が最終的に提示する「未来を創る（神座出流でも日向創でもない自分を選ぶ）」という選択は、過去の因縁や他者からの承認に縛られず、自己の意志で心理的境界線を再構築する人間的成長のプロセスそのものを描いていたと言えます。
