「卸売市場の奥にある食堂は、プロの仲買人や関係者しか入れないのではないか」という疑問を持つ人は多いですが、結論から言えば一般客の利用は大歓迎されており、入場手続きも一切不要です。長崎市京泊にある新長崎漁港の敷地内へは、自家用車やレンタカー、公共交通機関を使って誰でも入ることができます。
長崎水産食堂へのアクセス拠点となる長崎魚市場の正門には守衛所が設置されていますが、一般車両の進入は制限されていません。関係車両の往来が激しいため徐行運転を徹底し、敷地内の来客用・一般共用駐車場（無料）に車を停めれば、誰でもスムーズに厚生棟・関連棟へ向かうことが可能です。公共交通機関を利用する場合は、JR長崎駅前から長崎バス「長崎魚市場（京泊）」方面行きに乗車し、約40分〜50分で到着します。
敷地内に入ると、フォークリフトや運搬車が日常的に行き交う「プロの現場」そのものの活気に圧倒されます。このリアルな現場感こそが、観光向けに整えられたレストラン街では決して味わえない市場食堂ならではの醍醐味と言えます。
