日本国内における食中毒予防の指針として、厚生労働省や農林水産省、そして食品安全委員会は詳細なデータとリスク評価を公表している。公的機関の報告によると、じゃがいもによる自然毒食中毒の多くは、小中学校の体験農園や家庭菜園で収穫された未熟な個体、または自宅で長期保管された後に調理された個体が原因となっている。
厚生労働省の統計によれば、体重1kgあたり約0.2mg〜0.5mgのソラニン・チャコニン摂取で発症リスクが生じ、大人に比べて小児ではより少量で重篤な中毒症状を引き起こす。農林水産省公式Webサイトでは、一般消費者および教育現場向けに「自家栽培じゃがいもによる食中毒の予防策」に関する特設ページを開設し、芽や緑変部の徹底的な除去、日陰での保存の徹底を強く呼びかけている。