札幌日本大学中学校・高等学校の最大の強みは、生徒の学力特性や将来像に応じた緻密なコース設計にあります。中高一貫教育と高校からの高入生の双方が、互いに刺激を受け合いながら高め合う教育環境が整っています。
中学校段階における札幌日本大学中学校の偏差値は、道内模試基準で48〜56程度に位置しています。中学校では、最難関国公立大学現役合格を目指す「スーパーアクティブ（SA）コース」、基礎力を固めつつ主体的な進路選択を促す「アクティブ（A）コース」、そして国際的な視野と課題解決力を育む「国際バカロレア（IB）MYPコース」が設置されています。近年は思考力・表現力を問う適性検査型入試の導入も進み、札幌日本大学中学校の入試倍率は1.2〜1.5倍前後と安定した人気を維持しています。
高校段階における札幌日本大学高校のコース特徴は、目的別に4つへ明確に分かれています。
最上位に位置する「プレミアSコース」は、偏差値66〜68を誇り、東京大学・京都大学・北海道大学などの旧帝大や国公立大学医学部を目指す精鋭が集まるクラスです。続いて国公立大学や難関私立大学をターゲットにする「特進コース」（偏差値61〜63）、日本大学の幅広い学部への進学や中堅私立大学を目指す「総合進学コース」（偏差値52〜55）、そして世界標準の教育プログラムを履修する札幌日大のIBコース（偏差値60〜62）が設置されています。自分の学習到達度と将来設計に合わせて最適な環境を選択できる複線型の構造が、生徒一人ひとりの伸びしろを最大限に引き出しています。
