本編エンディング後には、本編ラスボスを遥かに凌駕する凶悪な隠しボスたちが待ち受けています。
無印版における究極の隠しボス「ダグジャガルマ」や「聖導者ノチョーラ」、プロ版における「魔王オムド・レクス」「神魔軍儀ザルギア」などは、毎ターン3回〜4回行動を行い、いてつくはどうと即死級の全体属性攻撃を連発してきます。これらを撃破するための定石は、「つねにアタックカンタ」「つねにマホカンタ」を組み込んだ特性カスタマイズと、属性耐性を「無効・吸収」まで引き上げるガード系スキルの徹底継承です。
また、ニンテンドー3DSの「すれちがい通信」機能は、強力なモンスターの入手手段として絶大な効果を発揮しました。すれちがった他プレイヤーのパーティからモンスターを直接スカウトできる仕様を活用し、自作ディスクの配布やレアモンスターの交換が全国の駅やイベント会場で盛んに行われました。特に「ご当地モンスター」や「公式配信データ」の入手において、すれちがいコミュニティはゲームの寿命を大きく引き伸ばす原動力となったのです。
