一畑薬師がこれほどまでに全国的な崇敬を集める最大の理由は、「眼病平癒」における圧倒的な信仰実績にあります。本尊である薬師瑠璃光如来は、古来より人々の心身の病を癒やすと信じられてきましたが、一畑薬師では特に「目」にまつわる霊験が数多く記録されてきました。境内には、病気平癒を祈願して納められた無数の絵馬やお礼参りの証が並び、現代のデジタル社会で目を酷使する参拝者からも切実な祈りが寄せられています。
また、日本を代表する漫画家・水木しげる氏との深いゆかりも見逃せません。幼少期の水木氏（本名・武良茂）は、近所に住んでいたお手伝いのおばあさん「のんのんばあ（景山ふささん）」に連れられて一畑薬師へ幾度も参拝し、妖怪や神仏の世界観を肌で学びました。水木氏は自著やインタビューの中で「私の霊感の源流は一畑薬師とのんのんばあにある」と述懐しており、まさに世界的鬼才の原点となった聖地でもあります。
