観光客の急増は、世界に誇るサンゴ礁生態系にも重い負荷をかけてきた。特に伊良部島周辺の浅瀬では、日焼け止めに含まれる化学物質やマリンアクティビティによるサンゴの白化・損壊が深刻な議論を呼んでいる。
これに対し、宮古島市は2026年春から「環境保全貢献金の自動徴収システム(エコマリンパス)」の運用に向けた最終調整に入った。橋の利用自体は無料の原則を維持しつつも、島内でのマリンレジャー事業者やホテルを通じて、環境復元基金への協力を求める枠組みだ。集められた資金は、サンゴの移植作業や海底清掃、海洋監視員の増員に直接充てられる。