メガラティアスの色違いを語る上で、避けて通れない最大の疑問が「なぜ緑色に変色するのか」という点です。通常時のラティアスは鮮烈な赤色、その色違いは温かみのある黄金色（イエローオレンジ）を基調としています。ところが、メガシンカのエネルギーを解放した瞬間、ボディカラーは一変して鮮やかな黄緑色（ライトグリーン）へとシフトします。
この劇的なカラーリング変化には、第6世代『ポケットモンスター X・Y』および『オメガルビー・アルファサファイア』の開発段階における明確なデザイン意図が存在します。通常色のメガシンカにおいて、赤のラティアスと青のラティオスは、互いの遺伝子や波長が混ざり合うかのように「紫色（マゼンタパープル）」へと収束します。光と色彩の三原色において赤と青を等量混ぜ合わせると紫が生まれるのと全く同じ原理です。
この色彩設計は、色違いにおいても完璧に適用されています。色違いラティアスの基本色は「黄色」、対する色違いラティアスの基本色は「青緑（エメラルドグリーン）」です。この2つの色彩をブレンドした結果として導き出されたのが、メガシンカ色違いに共通する「高彩度の黄緑色」でした。対をなす無限ポケモン同士がメガシンカを通じて融合するかのような設定的意図が、この鮮やかな緑色の正体なのです。
ラティアス色違い通常時との違いを比較すると、メガシンカ前は「白と黄色のツートンカラーに緑の瞳」という愛らしい配色ですが、メガシンカ後は「白と黄緑の航空機ライクなシャープ造形」へと昇華します。翼の巨大化とともに腕部が収納され、飛行形態としての完成度が高まることで、緑色のボディがより先鋭的かつ神聖なオーラを放つ設計になっています。
