柏餅の魅力は、包まれる餡（あん）の多様性にもあります。一般的には「こしあん」「つぶあん」「みそあん」の3種類が定番として親しまれていますが、それぞれに異なる個性とファン層が存在します。
中でも特筆すべきは、京都や東京の老舗和菓子店で古くから愛されてきた「みそあん」です。白あんに京都発祥の白味噌や砂糖を練り込んだみそあんは、味噌の芳醇なコクとほのかな塩味が白あんの上品な甘さを引き立て、独特の甘じょっぱさが癖になる通好みの味わいとして知られています。
また、外見だけで中身の餡を見分けるために、和菓子業界では「葉の向きや餅の色」を変える伝統的な工夫が受け継がれてきました。
多くの和菓子店では、葉のツルツルした表側を外側にして包んだものを「こしあん」、葉の葉脈が浮き出た裏側を外にして包んだものを「つぶあん」、餅自体を淡い紅色や草餅（よもぎ）に仕立てたものを「みそあん」とするなど、食べる人が一目で判別できるよう工夫を凝らしています。
