インターネット上で長年語り継がれている「元ネタ=エヴァンゲリオン説」は、結論から言えば概念の借用(メタファー)として事実です。ただし、アニメ本編の中でキャラクターの太ももを指して「絶対領域」と呼ぶセリフが存在したわけではありません。
この言葉の語源と由来は、1995年に社会現象を巻き起こしたアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』に登場する防御障壁「A.T.フィールド(Absolute Terror FIELD/絶対恐怖領域)」に遡ります。作中において「誰も侵すことのできない聖なる結界」「心の壁」として描かれた概念に、当時のオタクコミュニティが強い感銘を受けました。
その後、2001年3月に個人の美少女ゲームファンサイト上で、キャラクター(『HAND MAID メイ』のサイバドール・メイ等)の「ミニスカートとニーソックスの隙間」を「不可侵の聖域」に見立てて「絶対領域」と形容した記述が確認されています。この詩的かつ的を射た表現が、巨大掲示板「2ちゃんねる(現5ちゃんねる)」を中心とするネットコミュニティに波及し、爆発的なスピードでスラングとして定着していきました。
つまり、エヴァンゲリオンの作中設定をベースに、ネットユーザーの比喩表現から誕生したというのが、言葉の発祥に関する確かな真相です。