透かしほおずきを作る最もポピュラーで自然な方法は、水の中にほおずきを浸して果皮（ガクの外皮組織）を微生物の力で自然発酵・分解させる手法です。特別な薬剤を使わないため、お子さんの自由研究や工作にも適しています。
まず、赤く完熟したほおずきを用意し、ヘタをつけたまま深めの保存容器や空き瓶に入れます。ほおずきが浮き上がってこないよう、水をたっぷり注いだ上でラップやキッチンペーパーを被せ、完全に水没させることが綺麗に仕上げる第一歩です。
透かしほおずきを水につける期間は、室温や季節によって変動します。気温が高い夏場であれば約7日〜10日前後、涼しい秋口や室温が低い環境では2週間〜3週間程度が目安となります。皮がふやけてぬるぬるになり、部分的に繊維が透けて見え始めたら取り出しの合図です。
水から引き揚げたら、水を張ったボウルの中で優しく果皮を取り除きます。毛先が柔らかい古い歯ブラシや絵筆、指の腹を使って撫でるように擦ると、葉脈だけが綺麗に残ります。最後に中のオレンジ色の実を傷つけないよう注意しながら流水ですすぎ、風通しの良い日陰でしっかりと乾燥させれば完成です。
