安土桃山時代の大泥棒・石川五右衛門の末裔である十三代目石川五ヱ門は、初登場時からルパン一味の仲間だったわけではありません。原作漫画およびアニメ『ルパン三世（TV第1シリーズ）』第5話「十三代五ヱ門登場」において、彼はルパンの命を狙う冷徹な刺客として姿を現しました。
五ヱ門を刺客として仕向けた黒幕こそ、彼の武芸の師匠である百地三太夫でした。伊賀忍者の頭領であった百地は、五ヱ門の類まれな剣技を利用してルパンを暗殺させ、ルパン一族の秘伝書を独占しようと目論んでいたのです。しかし、百地の真の狙いが「用済みとなった五ヱ門自身の抹殺」にあることをルパンによって暴かれ、五ヱ門は師の卑劣な裏切りを知ることになります。
師匠との決別と死闘を経て、五ヱ門は自らの未熟さを痛感し、武者修行の旅へと出ます。その後、ルパンとの度重なる知恵比べや共闘を通じて互いの信念と技量を認め合い、利害を超えた強固な信頼関係で結ばれるに至りました。プロフィール経歴において特筆すべきは、彼が単なる従属関係ではなく、常に独立した一個の武士としてルパンと対等な距離感を保ち続けている点にあります。
