宮崎駿監督が本作に込めた意図を探る上で欠かせないのが、西洋の古典や北欧神話、そして各地に伝わる神話・伝承の要素だ。ポニョの本名である「ブリュンヒルデ」は、ワーグナーのオペラ『ニベルングの指環』に登場するワルキューレ（戦死者を冥界へと導く女神）に由来する。
導き手としての少女、そして壊滅する世界。このモチーフは、日本のアニメーション産業史においても極めて象徴的な意味を持つ。デヴォン期のデボン紀古代魚（ディプノリンクスなど）が泳ぎ回る海は、地球上の命が誕生した原初のアカシックレコードそのものだ。
宮崎監督は、人間本位の環境観や近代社会の合理主義を一度リセットし、生命の根源的なカオスを描き出そうとしたのではないか。秩序が崩壊したあとに訪れる混沌こそが、真の生命の躍動を生み出すという哲学が、圧倒的なビジュアル表現によって提示されている。
